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Roadmap ​

O Rove está em estágio inicial. Não há releases, nem crate publicada, nem datas. Esta é a ordem de implementação, não um cronograma.

EtapaEstado
Núcleo de verossimilhança escalar e testes numéricos de referênciaConcluído
CI em ARM64, x86_64 e na versão mínima do RustConcluído
Análise de referência reprodutível com o BEAST 2.7.8Concluído
NEXUS morfológico e compressão de padrões observadosConcluído
Baseline do núcleo RustConcluído, #8
Benchmarks de inferência completa e entre motoresPendente, #8
Correção de ascertainment MkvPróximo, #14
Poda direta do MkPlanejado, #4
Vetorização NEONPlanejado, #5
MCMC independente mínimoPlanejado, #15
Modelo de referência com relógio relaxadoPlanejado, #16
Validação completa da inferênciaPlanejado, #12
Avaliação de repetições dentro de subárvoresPlanejado, #17
Adaptadores opcionais BEAST 2 JNI e BEAGLE C ABIPossível, #6 e #7

Estabelecer o baseline ​

O núcleo é verificado contra uma implementação escalar independente. O leitor de NEXUS fornece observações ponderadas sem o BEAST. O experimento de referência registra entradas exatas, configurações de modelo, duas execuções completas do BEAST e estados numéricos fixos.

O baseline no Apple M4 Max registra 11 cenários em Rust, separando preparação, avaliações completas, atualizações parciais e manutenção do estado das propostas. Inclui amostras brutas, observações de alocação e variação entre três processos. A correção Mkv vem a seguir. As comparações de inferência completa e entre motores continuam pendentes; nenhum ganho de velocidade entre motores foi medido.

Corretude antes da otimização ​

O Mkv condiciona a verossimilhança ao processo de observação em matrizes só com caracteres variáveis. Ele precisa de testes próprios contra os estados de referência fixos; padrões artificiais de ascertainment devem permanecer separados dos pesos dos padrões observados.

Depois disso, o caminho direto do Mk pode substituir a multiplicação genérica de matrizes, seguido do NEON em Apple silicon. A implementação escalar continua como referência e fallback. Cada otimização precisa de uma medição antes/depois, não só de uma contagem de operações aritméticas.

Inferência independente ​

Um amostrador mínimo vem antes da configuração completa com relógio relaxado e nascimento–morte. A validação avança das verossimilhanças em estados fixos até execuções completas em matrizes conhecidas. A qualidade da amostragem, incluindo ESS por tempo e diagnósticos de árvore, conta junto com o tempo de execução.

O produto pretendido é um aplicativo nativo para macOS. O trabalho na interface do aplicativo não começou. Os adaptadores BEAST e BEAGLE são caminhos de compatibilidade opcionais, não dependências da engine em Rust.

Acompanhe as issues do repositório para critérios de aceitação e resultados.

Inferência filogenética em Rust. MIT ou Apache-2.0.