Roadmap
Rove está en una etapa inicial. No hay versiones publicadas, ni crate publicado, ni fechas. Esto es el orden de implementación, no un calendario.
| Paso | Estado |
|---|---|
| Núcleo de verosimilitud escalar y pruebas numéricas de referencia | Hecho |
| CI en ARM64, x86_64 y la versión mínima de Rust | Hecho |
| Análisis de referencia reproducible con BEAST 2.7.8 | Hecho |
| NEXUS morfológico y compresión de patrones observados | Hecho |
| Línea base del núcleo Rust | Hecho, #8 |
| Benchmarks de inferencia completa y entre motores | Pendiente, #8 |
| Corrección de ascertainment de Mkv | Siguiente, #14 |
| Poda directa de Mk | Planificado, #4 |
| Vectorización NEON | Planificado, #5 |
| MCMC independiente mínimo | Planificado, #15 |
| Modelo de referencia con reloj relajado | Planificado, #16 |
| Validación de la inferencia completa | Planificado, #12 |
| Evaluación de repeticiones dentro de subárboles | Planificado, #17 |
| Adaptadores opcionales de JNI para BEAST 2 y de C ABI para BEAGLE | Posible, #6 y #7 |
Establecer la línea base
El núcleo se comprueba contra una implementación escalar independiente. El lector de NEXUS suministra observaciones ponderadas sin BEAST. El experimento de referencia registra las entradas exactas, la configuración del modelo, dos ejecuciones completas de BEAST y estados numéricos fijos.
La línea base en Apple M4 Max registra 11 casos en Rust, separando preparación, evaluaciones completas, actualizaciones parciales y gestión del estado de las propuestas. Incluye muestras originales, observaciones de asignación de memoria y variación entre tres procesos. La corrección Mkv es el siguiente paso. Las comparaciones de inferencia completa y entre motores siguen pendientes; no se ha medido ninguna aceleración entre motores.
Corrección antes que optimización
Mkv condiciona la verosimilitud al proceso de observación para matrices con solo caracteres variables. Necesita sus propias pruebas contra los estados de referencia fijos; los patrones artificiales de ascertainment deben mantenerse separados de los pesos de los patrones observados.
Después, la ruta directa de Mk puede reemplazar la multiplicación genérica de matrices, seguida de NEON en Apple silicon. La implementación escalar sigue siendo la referencia y el respaldo. Cada optimización necesita una medición antes y después, no solo un recuento de operaciones aritméticas.
Inferencia independiente
Un muestreador mínimo viene antes de la configuración completa con reloj relajado y nacimiento-muerte. La validación avanza desde verosimilitudes en estados fijos hasta ejecuciones completas sobre matrices conocidas. La calidad del muestreo, incluidos el ESS por unidad de tiempo y los diagnósticos de árboles, cuenta tanto como el tiempo de ejecución.
El producto previsto es una aplicación nativa para macOS. El trabajo en la interfaz de la aplicación no ha comenzado. Los adaptadores de BEAST y BEAGLE son rutas de compatibilidad opcionales, no dependencias del motor en Rust.
Sigue los issues del repositorio para ver los criterios de aceptación y los resultados.